超声清洗的局限性主要体现在以下几个方面：
一、清洗对象限制
不耐振物体受限：超声波清洗通过高频振动产生空化作用来去除污渍，因此某些质地脆弱、结构松散或对振动敏感的物体可能不适合此种清洗方式。例如，具有精细结构的古代文物、纸质文物，或者容易因振动而损坏内部结构的精密仪器(如某些高精度的陀螺仪)等，可能会因超声波的振动而受损。
特殊材料限制：对于一些特殊材料，如低熔点材料(某些易熔合金)，如果清洗液温度在超声波清洗过程中升高，可能会导致材料变形。此外，还有一些对超声波敏感的材料，可能会在超声波作用下发生性能变化，如某些高分子材料的结晶度改变。
二、清洗效果局限
非物理吸附污垢：对于一些与物体表面发生化学吸附或化学键合的污垢，如某些金属表面的氧化层、化学腐蚀产物等，超声波清洗单独使用可能无法有效去除。这些污垢通常需要结合化学清洗方法，如使用特定的酸、碱或螯合剂等化学试剂来破坏化学键，然后再用超声波清洗去除。
顽固生物膜：当面对微生物形成的顽固生物膜时，超声波清洗可能只能去除表面的部分微生物，对于生物膜内部的微生物和其分泌的胞外聚合物，可能需要辅助以生物酶清洗或其他化学消毒方法来彻底清除。
三、成本与环保问题
设备购买成本：高质量的超声波清洗机，尤其是具有高精度控制、大型清洗槽、高功率等特性的工业用设备，价格相对较高。对于一些小型企业或预算有限的用户来说，购买成本可能是一个限制因素。
清洗液成本与选择：为了达到最佳清洗效果，需要使用合适的清洗液。不同的清洗对象和污垢类型需要选择不同的清洗液，这增加了使用成本。而且，专用清洗液的价格往往较高，同时清洗液的选择还需要考虑对被清洗物体的兼容性、环保要求等诸多因素。
清洗液残留与废水处理：清洗完成后，物体表面可能会残留清洗液。对于一些要求严格的应用场景，如食品加工设备、医疗器械等，清洗液残留可能会对人体健康或产品质量产生影响。因此，需要进行彻底的漂洗和干燥处理，这增加了后处理的步骤和成本。此外，使用后的清洗液如果含有污染物、化学试剂等，需要进行处理后才能排放，否则会对环境造成污染。
